Péptidos como moduladores epigenéticos
El término
epigenética se refiere a alteraciones heredables en la expresión de genes y la
estructura de la cromatina debidas a modificaciones bioquímicas que no cambian
la secuencia primaria de nucleótidos de los genes. Estas alteraciones pasan a
la descendencia por modificaciones epigenéticas en las células germinales. Los
principales mecanismos de la epigenética incluyen metilación de ADN,
modificaciones post-translacionales de histonas (hPTM), remodelación de la
cromatina y ARN no codificantes. Estas modificaciones epigenéticas son
influenciadas por factores ambientales y de estilo de vida como dieta,
microbioma, actividad física y contaminantes/toxinas. Más aún, los diferentes
mecanismos epigenéticos pueden afectarse unos a otros. Por ejemplo, la
metilación de histonas puede ayudar directamente a la metilación de ADN y, a su
vez, la metilación del ADN puede actuar como molde para modificaciones de
histonas. La desregulación epigenética está involucrada en una variedad de
enfermedades y la naturaleza reversible de las modificaciones epigenéticas las
convierte en interesantes blancos terapéuticos. El control epigenético puede
ser disfuncional durante el desarrollo embrionario, posiblemente causado por
incremento en el estrés oxidativo en los espermatozoides y resultar en enfermedades
congénitas como la enfermedad de Hirschsprung. Más tarde en la vida, la
regulación epigenética adversa puede
resultar en una variedad de enfermedades como cáncer, desórdenes sanguíneos, desórdenes neurológicos y
neurodegenerativos y desórdenes respiratorios.
Las metilaciones de ADN son las
modificaciones epigenéticas más comunes: un grupo metilo es transferido de la
S-adenosilmetionina (SAM) a la posición 5´del anillo citosina por una ADN
metiltransferasa (DNMT) y generalmente está correlacionada con represión de
genes por bloqueo directo de la unión de unión de factores de transcripción o
por reclutamiento de remodeladores de la cromatina. La metilación de ADN juega
roles importantes en la estabilidad del genoma y los cambios anormales en la
metilación de ADN están asociados con diferentes formas de cáncer. La
metilación de ADN es un proceso relativamente estable mientras la
desmetilación, la cual es necesaria para la reprogramación de genes, ocurre vía
dilución pasiva o un proceso activo de hidroximetilación.
Las histonas se asocian con el ADN para
formar complejos nucleosomas. La compactación nucleosoma del ADN protege al
genoma de agentes que dañan al ADN y permite empacar todo el ADN en el núcleo.
Las modificaciones de histonas mejor estudiadas son la acetilación por enzimas
histona acetiltransferasas (HAT) y la metilación por enzimas histona
metiltransferasas (HMT). La acetilación neutraliza la carga positiva de lisina
en las histonas, lo cual resulta en el no plegamiento de la cromatina y la
activación de genes, mientras la metilación ejerce sus funciones indirectamente
por reclutamiento de proteínas no histonas y el
resultado (activación o represión de genes) depende del dominio mono-di-trimetilado
de la histona, la combinación específica de modificaciones y la localización de
la histona a lo largo de la secuencia genética. La reversión del fenómeno es catalizada por
desacetilasas (HDAC) y desmetilasas, respectivamente. Hay 18 HDAC diferentes identificadas y
clasificadas en cuatro clases diferentes. Otras modificaciones de histonas son
la butirilacion y la succinilación. Todas estas modificaciones pueden alterar
la expresión de genes remodelando la cromatina, pero también juegan roles importantes
en la respuesta al daño del ADN. Adicionalmente, las histonas pueden ser
reemplazadas durante el ciclo celular por variantes de histonas, las cuales son
codificadas por genes separados. Estas variantes pueden cambiar las propiedades
de la cromatina desestabilizando al nucleosoma y alterando el patrón de hPTM,
lo cual puede influir en la transcripción de genes, la replicación y reparación
de ADN, el empaquetamiento y la segregación.
Los ARN no codificantes (ncARN) también
actúan como reguladores de la maquinaria epigenética. La mayoría de estas
moléculas ARN no codifican proteínas pero ejercen una variedad de funciones,
incluyendo la regulación de la expresión de genes y la metilación de ADN. Las
funciones reguladoras de los ncARN son controladas por modificaciones
epitranscriptómicas. Los ncARN se clasifican de acuerdo con su tamaño: los
ncARN< 200 nucleótidos son llamados ARN no codificantes cortos (miARN,
siARN, piARN), mientras los ncARN> 200 nucleótidos son llamados ARN no
codificantes largos (lncARN). El grupo más conocido y más investigado de los
ncARN es el de micro ARN (miARN). Estas
moléculas ARN tienen una longitud de 19-24 nucleótidos y reprimen la expresión
de genes. Los miARN reconocen 6-7 nucleótidos en la región 5´no transladada (“región
semilla”) de sus blancos y guían un complejo silente inducido por ARN (RISC) al
mARN blanco. Cuando el miARN está completamente unido con su blanco, actúa como
una endonucleasa y degrada al mARN. Sin embargo, en la mayoría de los casos,
los miARN son solo parcialmente
complementarios e inhiben la translación por re-locación del complejo mARN-miARN-RISC para procesar los cuerpos
donde ocurre la degradación de mARN. Dado que la región semilla es
relativamente corta, un miARN es capaz de regular cientos de genes diferentes.
Los miARN también regulan la expresión de otros ncARN. Al presente, más de 1800
potenciales miARN han sido identificados. Los siARN tienen un mecanismo de
acción similar, pero difieren de los miARN por la fuente de origen y en la
estructura. Los lncARN pueden actuar como precursores de ncARN cortos o regular
la expresión de genes en diferentes niveles, principalmente por remodelación de
la cromatina. Estudios recientes reportan que los lncARN, a pesar de su nombre,
pueden tener una función codificante para péptidos pequeños.
Los péptidos son moléculas de menos de 50
aminoácidos que ejercen una variedad de funciones en el cuerpo humano y son
capaces de modular los mecanismos epigenéticos. Dependiendo del péptido, estos
efectos son directos o indirectos por unión a receptores y activación de
cascadas de señalización intracelular. En el núcleo, estos péptidos cortos (di,
tri y tetrapáptidos) interactúan directamente con el ADN en la región promotora
del gen, causando separación de las bandas
e inicio de la transcripción del gen. Si este es el caso, estos péptidos
cortos de cuatro o menos aminoácidos pueden ser considerados como una clase
separada de reguladores epigenéticos. Otro mecanismo de acción propuesto es la
unión de estos péptidos a la región promotora del gen haciéndola inaccesible
para las DNMT, lo cual resulta en regiones promotoras no metiladas y activación
del gen. En este caso, los péptidos cortos actúan como inhibidores de la
metilación del ADN. Estos péptidos cortos pueden ser formados endógenamente por
clivaje proteolítico de proteínas nucleares o por síntesis después que ellos
penetran las membranas citoplasmática y nuclear. Estos péptidos están
involucrados en la regulación epigenética del envejecimiento y pueden tener
efectos promotores de la salud como la supresión del incremento relacionado con
la edad de la expresión de metaloproteasas de matriz y la apoptosis dependiente
de caspasas.
El amiloide beta (Aβ) es un péptido de 37-43
aminoácidos que forma parte de las placas seniles en la enfermedad de Alzheimer
(EA) y reduce la metilación de ADN global pero incrementa la metilación de ADN
en la región promotora del gen neprilisina, una enzima responsable de la
degradación del Aβ, por tanto, regula a la baja su propia producción. Los
oligómeros solubles de Aβ también son capaces de disminuir la captación de
cisteína en neuronas humanas causando una disminución de los niveles
intracelulares de glutatión, acompañada por una disminución global de
metilación de ADN, lo cual puede contribuir a la patología de la EA. En
pacientes con síndrome de Down, los niveles plasmáticos aumentados de Aβ y la
metilación disminuida de tres CpGs predicen el envejecimiento en adultos. Este
hallazgo indica que el Aβ contribuye al envejecimiento acelerado que se observa
en los pacientes con síndrome de Down. Entonces, los péptidos endógenos son
capaces de regular la expresión de genes y ejercer sus propios efectos
selectivamente incrementando o disminuyendo la metilación de ADN.
Los efectos de los péptidos endógenos no se
limitan a la metilación del ADN, también tienen efectos sobre las
modificaciones de histonas. El péptido pro-islote humano (HIP) contiene 14
aminoácidos y es usado para el tratamiento de la diabetes porque incrementa la
masa de células β y mejora el control de la glucemia. Este péptido promueve la
diferenciación de células progenitoras pancreáticas derivadas de feto humano
promoviendo la expresión de diferentes factores de transcripción pro-islote a
través de la fosforilación e inhibición del factor de transcripción FOXO1. Esta
inhibición provoca una reducción de la unión de menina a la región promotora de
los factores de transcripción pro-islote y una posterior disminución del
reclutamiento de metiltransferasas H3K9.
Entonces, el péptido HIP actúa sobre la metilación de histonas mediante un
efecto represivo indirecto en la región promotora de los factores de
transcripción pro-islote. Los péptidos endógenos también afectan la expresión
de ncARN. El péptido natriurético B (BNP), una hormona cardiaca secretada por
el miocardio atrial y ventricular, promueve la apoptosis de células miocárdicas
durante el daño por isquemia-reperfusión regulando al alza al lncARN LSINCT5.
Este lncARN regula la apoptosis de células miocárdicas a través de la
activación de la ruta caspasa-1/IL-1β causando insuficiencia cardiaca crónica.
Estos efectos podrían explicar el incremento en el riesgo de mortalidad después del tratamiento con nesiritide, una
forma recombinante del BNP.
Los péptidos beta-casomorfino-7 (BCM7) y
GM7, liberados por digestión hidrolítica de la caseína y la gliadina,
respectivamente, disminuyen la captación de cisteína en neuronas y células
gastrointestinales a través de la activación de receptores opioides. Esta
disminución es acompañada por un incremento en la oxidación de glutatión
intracelular y la metilación del ADN en las posiciones +65 a +80 de los sitios
de transcripción de genes, lo cual resulta en la regulación a la baja de varios
genes de la ruta de transulfuración y el ciclo de metionina. Estos resultados
sugieren que los péptidos derivados de la leche y el trigo ejercen efectos
antioxidantes importantes durante el desarrollo postnatal por mecanismos epigenéticos.
El BCM7 también promueve la neurogénesis
de stem cells neuronales disminuyendo la metilación de ADN global. Por otra
parte, el lunasin, un péptido de 43 aminoácidos derivado de la soya, es capaz
de inhibir la acetilación de histonas de H3 y H4 y exhibe marcadas actividades
anti-cáncer. En su extremo terminal carboxilo, el péptido contiene ocho
residuos Asp cargados negativamente que actúan como inhibidores de las
acetilaciones de H3 y H4 cargadas positivamente. Esta secuencia es
inmediatamente precedida por un dominio Arg-Gli-Asp, responsable de la adherencia a la matriz
extracelular facilitando la penetración celular del péptido
y una estructura α-hélice de 9 aminoácidos que guía y une el lunasin a las
proteínas histonas. Recientemente se ha encontrado que este péptido también
ejerce efectos beneficiosos en enfermedades neurodegenerativas como la EA.
Los péptidos derivados de alimentos también
ejercen efectos reguladores sobre la transcripción de ncARN. Por ejemplo, en la
medicina tradicional china, una mezcla de
péptidos derivados de tortuga modulan la expresión de 101 miARN
diferentes en células de cáncer gástrico humano. Muchos de los miARN regulados
al alza tienen acciones supresoras de tumor, lo que hace a estos péptidos
potenciales blancos terapéuticos. Los efectos de los péptidos derivados de
alimentos sobre la epigenética y su posible uso en el tratamiento de
enfermedades hacen que estos productos sean tema de discusión acerca de si
deben ser considerados alimentos funcionales o productos medicinales (también
llamados productos “borderline”). Si un producto con péptidos epigenéticos
bioactivos es clasificado como producto medicinal o producto alimenticio
depende de características como composición, efecto farmacológico, manera de
uso, dosis, distribución y familiaridad con los riesgos de los consumidores.
Los péptidos con efectos epigenéticos
también se pueden encontrar en el ambiente y son producidos principalmente por
especies microbianas. La romidepsina, un producto de la fermentación de
Chromobacterium violaceum, es la primera droga basada en péptido con efectos
epigenéticos aprobada por la FDA. Se trata de un inhibidor de HDAC (HDACi) de
amplio espectro, pero activo principalmente contra la clase 1 de HDAC. En la
célula, el enlace disulfuro del péptido es reducido liberando tiol en el
proceso. Este tiol interactúa con atomos de zinc en el sitio de la HDAC
dependiente de zinc, inhibiendo, por tanto, su actividad. Otros depsipéptidos
como espiruchostatinas (A, B y C), FR901375, largazole, plitidepsina,
burkholdacs (A y B) y tailandepsina B pertenecen al mismo grupo de romidepsina
y tienen mecanismos similares. Las espiruchostatinas, las burkholdacs y
tailandepsina B se originan a partir de la bacteria Burkholderia thailandensis.
Los compuestos burkholdacs difieren de las espiruchostatinas por la sustitución
de metionina por alanina. FR901375 y largazole son estructuralmente
relacionados con la romidepsina y producidos a partir de la fermentación de
Pseudomonas chlororaphis y la cianobacteria marina Symploca sp,
respectivamente. La plitidepsina es un depsipéptido cíclico que se origina a
partir de la Aplidium albicans con efectos sobre células cancerosas que
resultan en la detención del ciclo celular, la inhibición del crecimiento y la
inducción de apoptosis por diferentes rutas.
Una segunda clase de péptidos HDACi son los
tetrapéptidos cíclicos, a la cual pertenecen la chlamidocina, la apicidina, el FR235222,
las microsporinas (A y B), las azumamides
(A-E) y la trapoxina A. La chlamidocina es un metabolito micótico con alta
potencia como HDACi que induce hiperacetilación de histonas H3 y H4 que resulta
en detención del ciclo celular G2/M e inducción de apoptosis por activación de
la caspasa-3. Adicionalmente, la chlamidocina regula a la
baja a la survivina, un inhibidor de la apoptosis expresado selectivamente en
los tumores. Las microsporinas A y B son aisladas del hongo marino Microsporum
gypseum y junto con las azumamides A-E derivadas de la esponja Mycale izuensi,
son los primeros tetrapéptidos cíclicos aislados de especies marinas con acción inhibidora
contra HDAC. El FR235222 es un metabolito
aislado del hongo Acremoniun sp que muestra actividades inmunosupresoras,
capaces de inhibir la proliferación de células T y la producción de linfoquinas
a través de la inhibición de desacetilsas de histonas. La trapoxina A es
aislada del hongo parasito Helicoma ambiens y muestra actividad inhibidora de
HDAC. La apicidina es estructuralmente análoga a la trapoxina A, también
muestra actividad inhibidora de HDAC y tiene efectos similares a los de la
chlamidocina.
La desmetilasa específica de L-lisina 1
(LSD1) es una enzima remodeladora de cromatina que remueve grupos metilos de la
lisina en posición 4 de la histona H3. Esta enzima juega un rol importante en
el cáncer y su sobre expresión resulta en el silenciamiento de genes supresores
de tumor. Actualmente se encuentran bajo investigación clínica en humanos diferentes inhibidores basados en péptidos;
estos péptidos son análogos de la región de la H3 que es sustrato de la LSD1y
actúan como antagonistas de la LSD1. Por otra parte, la EZH2 es una
metiltransferasa de histona que cataliza la di y trimetilación de la lisina en
posición 27 de la H3 y está relacionada con la represión de genes. La sobre
expresión de esta enzima se ha correlacionado con varios tipos de canceres
debido al silencio epigenético de importantes genes supresores de tumor. Los
péptidos sintéticos también interactúan con miARN inhibiendo su maduración, lo
cual resulta en la supresión de la formación de miARN y la regulación al alza
de los genes blancos de miARN. Por ejemplo, el LK-LIC/K6W/L8C es un péptido
ampifílico que se une al asa terminal del pre-miR29b, el cual madura a miR29b e
induce apoptosis de células cancerosas. Los estudios indican que los péptidos
sintéticos pueden promover o inhibir la maduración mediada por Dicer (la enzima
responsable de la maduración de miARN) de pre-miARN a miARN maduro y, por
tanto, regulan al alza importantes genes supresores de tumor o regular a la
baja oncogenes que son sobre expresados en muchos canceres.
Los péptidos pueden tener un efecto sobre
múltiples aspectos de la regulación epigenética. Sin embargo, la expresión de
péptidos endógenos también es regulada por mecanismos epigenéticos. Por
ejemplo, durante la suspensión de fumado de cigarrillo o de consumo de alcohol,
la expresión de péptidos natriuréticos y vasopresina es regulada por patrones
cambiantes de metilación de ADN en las regiones promotoras de los péptidos. Por
otra parte, en el cáncer, los mecanismos epigenéticos son responsables de la
expresión de péptidos específicos de cáncer. Asimismo, las HDAC son capaces de
regular a la baja la expresión de péptidos antimicrobianos.
En conclusión, péptidos de diferentes
fuentes (endógenos, derivados de alimentos, ambientales y sintéticos) son
capaces de influir en varios aspectos de la regulación epigenética. Los
péptidos cortos endógenos pueden bloquear la metilación de ADN y por
consiguiente regula la expresión de genes. Los péptidos que entran al cuerpo
por digestión de proteínas relacionadas con los alimentos pueden regular la
metilación de ADN y/o la acetilación de histonas mientras los péptidos
ambientales, sintetizados por bacterias, hongos y esponjas marinas,
principalmente inhiben la desacetilación de histonas. Por otra parte, los
péptidos sintéticos pueden revertir o inhibir diferentes modificaciones
epigenéticas de histonas. Los péptidos también pueden influir en la expresión
de ncARN, como lncARN, y la maduración de miARN.
Fuente: Janssens Y
et al (2019). Peptides as epigenetics modulators: therapeutic implications. Clinical
Epigenetics 11:101.